1.增值稅處理主要涉及三方面問題
PPP項目涉及增值稅的問題主要包括增值稅是否計入建設投資、增值稅進項抵扣、政府補貼與政府付費是否繳稅三個方面的問題。
（一）增值稅是否計入建設投資？
建設投資是否含稅對政府和社會資本方影響較大。營改增之后，發改委、住建部等項目投資管理部門之前發布的《建設項目經濟評價方法與參數》(第三版)等相關指導文件尚未及時修訂，加上PPP項目目前尚處于政策完善和探索實踐之中，在項目實施方案編制和招標等階段，建設投資是否含稅問題操作上不盡相同，對政府付費影響較大。
PPP項目付費機制包括政府付費、可行性缺口補助、使用者付費三種模式。使用者付費類項目運營、市場、測算風險等主要由社會資本方承擔，是市場化行為，在此不作討論。對于政府付費和可行性缺口補助類的項目，增值稅的計算對項目能否順利運營影響較大。根據《政府和社會資本合作項目財政承受能力論證指引》，政府付費模式付費金額計算公式為：
當年運營補貼支出數額 = 項目全部建設成本 ×（1+合理利潤率） ×（ 1+年度折現率 ） + 年度運營成本 × （1+合理利潤率）
財政運營補貼周期（年）
可行性缺口補助模式政府補貼金額計算公式為：
當年運營補貼支出數額 = 項目全部建設成本 ×（1+合理利潤率） ×（ 1+年度折現率 ） + 年度運營成本 × （1+合理利潤率） - 當年使用者付費數額
財政運營補貼周期（年）
兩個計算公式中，項目全部建設成本即為《建設項目經濟評價方法與參數(第三版)》中的建設投資，在PPP項目運作過程中，建設投資是否含稅對政府付費金額和企業能否正常運營影響均較大。一些機構在設計方案時，或是有意或是因專業知識欠缺，將含稅價計入建設投資，加大政府支付負擔，造成了國家財產損失，因此明確建設投資是否含稅顯得迫切而重要。
建設投資應作不含增值稅計算。在營改增之前，建筑業征收營業稅，營業稅作為價內稅，其金額包含在工程造價成本內，建設投資包含營業稅。2016年5月1日，營改增全面推行，PPP項目工程建設相關參數也發生了變化。為適應營改增的要求，住建部下發《住房城鄉建設部辦公廳關于做好建筑業營改增建設工程計價依據調整準備工作的通知》，明確了工程造價可按以下公式計算：工程造價=稅前工程造價×（1+11%）
其中，11%為建筑業增值稅稅率，稅前工程造價為人工費、材料費、施工機具使用費、企業管理費、利潤和規費之和，各費用項目均以不包含增值稅可抵扣進項稅額的價格計算，相應計價依據按上述方法調整。
因此，項目公司從建設施工單位收到的增值稅專用發票金額包括建設投資和增值稅進項兩方面的金額，其中，建設投資即為項目全部建設成本，政府根據設計好的付費機制給予資金成本和合理利潤，增值稅進項待項目進入運營期后由增值稅銷項稅額進行抵扣。
（二）增值稅進項稅如何抵扣？
PPP項目建設期一般由項目公司招標選擇施工單位，或者直接與具有相關資質和能力的社會資本方簽訂工程承包合同，項目完成后由施工單位向項目公司開具增值稅專用發票，該專用發票上的增值稅金為項目公司的進項稅額。對于工程量較大的PPP項目，如公路、綜合管廊、鐵路、綜合開發等項目，由于建設投資較大，加上建筑業增值稅率為11%，可能會產生兩個問題：一是增值稅進項稅額較大產生的資金成本對企業造成較大損失，二是增值稅進項稅額在項目合作結束時仍不能完全抵扣的問題。
資金成本問題。對于建設投資額較大的PPP項目，增值稅進項稅額較高，項目公司在建設期內均不會有運營收入，也不會產生相應的增值稅銷項稅額，前期支付的進項稅額較高、后期增值稅銷項抵扣時間較長將直接影響社會資本方的資金占用成本。
抵扣不足問題。由于PPP項目增值稅進項稅額較大、進項稅率和銷項稅率一般并不相同等原因，在項目合作期間可能存在增值稅進項不能全部抵扣的問題。如，建筑業增值稅率為11%，政府付費類項目銷項稅率按照6%計算，就可能產生上述問題，特別是對于免征增值稅的PPP項目，進項稅額不能抵扣的問題更加顯著，需要相關部門明確處理方法。
（三）政府付費與政府補貼如何繳稅？
實務中，對于政府付費與可行性缺口補助類項目，由于項目涉及政府付費或財政補貼，該部分收入是否繳納增值稅并沒有明確的政策規定，《國家稅務總局關于中央財政補貼增值稅有關問題的公告》指出，按照現行增值稅政策，納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應稅收入，不征收增值稅。但對于地方政府具有付費責任的PPP項目增值稅處理沒有明確規定。在項目實際操作中假設不征稅、假設正常征稅等各種處理辦法都有，同一個項目不同機構測算的結果可能差異很大。如果對政府付費或政府補貼征稅，則存在地方財政補貼中央的問題；如果不征稅，又沒有明確的法律依據，地方政府會面臨一定的風險，這方面的問題需要有關部門進一步明確。
2.企業所得稅：政府付費、政府補貼是否繳稅？
PPP項目企業所得稅主要涉及政府付費、政府補貼是否繳稅等問題。
對于這一問題，目前主要有以下法規政策：
《中華人民共和國企業所得稅法》規定，收入總額中的下列收入為不征稅收入：財政撥款；依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金；國務院規定的其他不征稅收入。
《關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》指出，企業取得的專項用途財政性資金凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：企業能夠提供資金撥付文件，且文件中規定該資金的專項用途；財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；企業對該資金以及以該資金發生的支出單獨進行核算。此外，還有《企業會計準則第16號——政府補助》（修訂版）第二章確認和計量的相關要求。可以看出，雖然有針對財政撥付款和政府補助的相關政策，但是對于PPP項目地方政府付費或政府補貼的這一部分金額是否征收、如何征收企業所得稅的問題沒有明確的政策規定，現實中操作方式各異，這為PPP項目下一階段的正常運營埋下了較大隱患。
3.項目資產轉移雙重征稅問題
PPP項目資產轉移主要發生在項目公司組建和項目移交兩個階段。
項目公司組建階段，政府下屬的投資平臺與中標的社會資本方共同注資或者社會資本方獨資，成立項目公司以建設、運營公共服務項目，政府出資人、社會資本方或以現金出資，或以土地、物業、機器設備等實物出資，實物出資關系到資產轉移，可能涉及增值稅、土地增值稅、契稅等相關稅收的繳納，這明顯提高了社會資本方投資成本，如何有效解決上述問題需要上位法規的明確。
PPP項目產權一般屬于項目公司所有，在項目運營階段結束后，項目公司需要將PPP項目權益移交給政府或其他政府指定的機構。一般有項目移交和股權轉讓兩種方式，如果選擇股權轉讓可以規避這一問題，但選擇將PPP項目移交的方式，則可能產生相應的增值稅、土地增值稅、企業所得稅等納稅義務。當前法規政策并不能解決上述稅收問題，這給PPP項目接下來的運營移交留下了較大隱患。
PPP項目涉及的主要稅種
根據財政部《關于在公共服務領域深入推進政府和社會資本合作工作的通知》及財政部PPP綜合信息平臺公布的項目類型，PPP主要適用于在能源、交通運輸、市政工程、農業、林業、水利、環境保護、保障性安居工程、醫療衛生、養老、教育、科技、文化、體育、旅游、片區開發等18個領域。
這些領域由于行業特點，在適用稅種上存在普遍適用的稅種，同時又具有本行業獨特的稅收特征。從項目建設、運營、移交等主要階段綜合來看，增值稅、企業所得稅、印花稅、城市維護建設稅等是PPP各領域參與主體均涉及的稅種，但不同領域可能存在稅率差別，部分領域可能已出臺了稅收優惠政策；關稅、房產稅、車船稅、契稅、土地增值稅、城鎮土地使用稅、車輛購置稅、耕地占用稅等稅種，依據PPP項目實際情況來看，PPP各領域參與主體可能涉及，也可能不涉及，屬于或有稅種；消費稅、個人所得稅、資源稅、船舶噸稅、煙葉稅等稅種PPP各領域參與主體基本不涉及，故可以不予考慮。
